Die interdisziplinäre Kompetenz des IZMF findet seinen sichtbarsten Ausdruck in den Publikationen, allem voran in der Herausgabe der Reihe „Interdisziplinäre Beiträge zu Mittelalter und Früher Neuzeit“ in Zusammenarbeit mit dem Winter-Verlag in Heidelberg. In dieser Reihe werden sowohl Sammelbände mit Beiträgen aus Tagungen und Workshops, aber auch aus den regelmäßig stattfindenden Ringvorlesungen, sowie Monographien aus den Projekten und Qualifikationsarbeiten der im Zentrum Mitwirkenden publiziert.
Weitere Publikationen der dem Zentrum angegliederten Unternehmungen und Einrichtungen sowie ausgewählte Arbeiten der Mitwirkenden sind ebenfalls hier zugänglich.